Medicinska fakulteta Univerze v Mariboru je bila ustanovljena z Odlokom o preoblikovanju Univerze v Mariboru, ki ga je soglasno sprejel Državni zbor Republike Slovenije 2. oktobra 2003.
V mesecu decembru 2003 je Svet za visoko šolstvo RS potrdil univerzitetni študijski program »Splošna medicina« in z razpisom objavil tudi 80 vpisnih mest za prve študente.
Senat Medicinske fakultete UM se je na svoji konstitutivni seji sestal 3. novembra 2003 in za dekana Medicinske fakultete UM za dobo enega leto izvolil prof. dr. Ivana Krajnca, dr. med. Skladno s Statutom UM je bila po vpisu prvih študentov v študijskem letu 2004/2005 sklicana konstitutivna seja akademskega zbora MF dne 22. 11. 2004, ki ji je sledil Senat MF, na katerem je bil za dekana za mandatno dobo štirih let ponovno izvoljen prof. dr. Ivan Krajnc, dr. med. Pri vodenju fakultete mu pomagata prodekan za izobraževalno dejavnost izred. prof. dr. Radovan Hojs, dr.med. in prodekanja za raziskovalno dejavnost doc. dr. Dušica Pahor, dr. med.
V sedemdeseta leta preteklega stoletja segajo pobude za ustanovitev druge medicinske fakultete, čeprav je bila pot dolga in zapletena. Splošna bolnišnica Maribor (SBM) je leta 1977 podpisala sporazum o sodelovanju z Medicinsko fakulteto v Ljubljani, konec leta 1980 so prvi študenti začeli opravljati klinične vaje tudi v Mariboru. Šele leta 1990 je bolnišnica postala učna bolnišnica Medicinske fakultete v Ljubljani, od tedaj je več kot 1000 študentov Medicinske fakultete v Ljubljani opravljalo vaje iz kliničnih predmetov v SBM. Razloge za ustanovitev druge medicinske fakultete v Sloveniji je moč najti v podatkih Ministrstva za zdravje, da bomo do leta 2020 potrebovali 1100 zdravnikov ali 25 odstotkov več kot zdaj. Po podatkih registra Zdravniške zbornice je bilo januarja 2000 v Sloveniji 3944 zdravnikov in 1164 zobozdravnikov. Med njimi jih 361 ne dela z bolniki, tako da imamo 1,9 zdravnika na 1000 prebivalcev. Primerjava podatkov z nekaterimi evropskimi državami (Švica, Danska, Nizozemska, Avstrija, Finska, Nemčija ipd.) kaže sorazmerno veliko zaostajanje. Zaskrbljujoča je tudi starostna struktura zdravnikov, saj se bo v naslednjih šestih letih v Sloveniji upokojilo 767 zdravnikov, ki jih ob sedanjem številu diplomantov ne bo mogoče nadomestiti. Pri tem ni mogoče zanemariti, v primerjavi z evropskimi, prekomerne obremenitve zaposlenih zdravnikov: če bi jih želeli zmanjšati vsaj za polovico, bi morali nemudoma zaposliti vsaj 350 zdravnikov specialistov, ki pa jih preprosto ni.