Trenutni
znanstveni problemi
Študije
celotnega
genoma (GWAs) so v kompleksnih boleznih odkrile mnogo polimorfizmov
posameznega nukleotida (SNP-jev) povezanih z bolezenskim tveganjem.
Vendar pa je velik delež genetskih označevalcev povezanih s patogenezo
kompleksnih bolezni del večjih haploblokov z visokim vezavnim
neravnovesjem (LD). Prav tako le-ti pogosto ležijo v nekodirajočem
genetskem območju ali celo v t.i. genetskih puščavah, kar
otežuje iskanje ključnih patogenih molekularnih procesov ki pogojujejo
kompleksne bolezni. Identifikacija bolezenskih variant vzročnih za
patogenezo kompleksnih bolezni bi pomenila boljše
razumevanje
bolezni na molekularni ravni kot tudi odkrivanje novih terapevtskih
tarč in optimizacijo obstoječih terapij.
Razvoj tehnologije sekvenciranja, usmerjenih panelov in metode
imputacije je znižal ceno genomskih študij in hkrati povečal
količino generiranih genetskih podatkov. Za pravilno statistično
obdelovanje velikih količin genetskih podatkov se razvijajo napredna
bioinformatska orodja. V post-GWAs dobi je torej enostavneje generirati
večjo količino podatkov, tako da je sedaj poudarek na finem mapiranju
vzročne variante znotraj haplobloka, ugotavljanje posledice ključne
genetske variante, kako vpliva na izražanje genov in kakšno
vlogo ima pri nastanku bolezni oz. pojavu simptomov. S tem namenom se
izvajajo študije kvantitativnega lokusa (eQTL) iskanje
vpliva
genetskih označevalcev na izražanje genov v tarčnih tkivih. Razvoj
tehnologije RNAseq je omogočil študije celotnega
transkriptoma,
kar omogoča širok vpogled v biološke procese v
kompleksnih boleznih na nivoju RNK molekule, kot tudi hitro odkritje
novih eQTL povezav in novih transkripcijskih variant, ki so specifične
za določeno bolezen.
Dodatno so študije genoma in transkriptoma omogočile iskanje
DNK
in RNK označevalcev odziva na zdravila. Odkritje
farmakoloških
označevalcev in prenos le-teh v klinično prakso bi izpolnilo ideal
personalizirane medicine, kjer bi z analizo bolnikovih značilnosti na
molekularni ravni bilo mogoče predpisati najbolj učinkovito zdravilo
pri optimalni dozi in maksimirati verjetnost uspešnega
odziva na
zdravilo, hkrati pa zmanjšati verjetnost nezaželenih
stranskih
učinkov. V ta namen se oblikujejo tudi napredni napovedni modeli z
statističnimi metodami in pristopi strojnega učenja.
Področje
raziskovanja
Za
namen preučevanja
kompleksnih bolezni in farmakogenomike center zbira biološke
vzorce klinično dobro definiranih bolnikov. Trenutno je delo centra
osredotočeno na imunsko pogojene kompleksne bolezni, kot je kronična
vnetna črevesna bolezen, revmatoidni artritis in astma, prav tako pa
raziskujemo določene vrste raka, npr. rak dojk in rak vratu, nosu in
glave. Za večino študij se zbirajo vzorci periferne venske
krvi,
iz katere se izolira serum, eritrociti in mononuklearne celice. Če je
možno in relevantno za študijo zbiramo tudi vzorce tarčnega
tkiva, kot tudi slino in blato.
Center za humano genetiko raziskuje diagnostične in prognostične biološke
označevalce v preiskovanih boleznih, npr. farmakološke
označevalce odziva na anti-TNF zdravljenje v kronični vnetni črevesni
bolezni. Za celoten seznam trenutnih in zaključenih projektov in
sodelovanje, kliknite tukaj.
Za seznam publikacij, kliknite tukaj.
|